Een belangrijk verschil tussen besluitvorming op communautair niveau in vergelijking met besluitvorming op nationaal niveau is dat op communautair niveau de instellingen geen algemene bevoegdheid tot het nemen van besluiten hebben. Op communautair niveau geldt een systeem van specifieke toewijzing van bevoegdheden. Er is bovendien geen eenduidige methode van besluitvorming. Deze varieert naar gelang het onderwerp van het te nemen besluit. In de afzonderlijke verdragsbepalingen is geregeld hoe een besluit op een bepaald beleidsterrein tot stand dient te komen. Wel wordt hierbij vaak naar algemene regels en procedures voor besluitvorming verwezen. De meest voorkomende methoden van besluitvorming zijn : gewone meerderheid (een besluit wordt met meer dan de helft van de stemmen genomen), eenparigheid van stemmen en gekwalificeerde meerderheid.

Eenparigheid van stemmen

Indien besluitvorming met eenparigheid van stemmen (ook wel: unanimiteit) dient te worden genomen, dienen alle lidstaten in te stemmen met het voorliggende voorstel. Iedere lidstaat beschikt daarmee over een veto. Het vetorecht kan worden gebruikt om de besluitvorming stil te leggen. Dit kan leiden tot een versnippering van de communautaire middelen of tot buitensporig gedetailleerde eindbesluiten.Maar het vetorecht garandeert eveneens de betrokkenheid en de steun van alle lidstaten ten aanzien van een besluit dat raakt aan het institutionele evenwicht in de Unie.

Met de uitbreiding van de Europese Unie zou dat tot het vastlopen van het besluitvormingsproces kunnen leiden; immers, hoe uitgebreider de Unie en hoe groter haar diversiteit, des te moeilijker zal het worden unanimiteit te bereiken. Het vinden van een oplossing voor de kwestie van de stemming bij gekwalificeerde meerderheid was dan ook een van de belangrijkste opdrachten voor de zevende Intergouvernementele Conferentie (IGC) van 2000. Bij het Verdrag van Nice is de gekwalificeerde meerderheid ingevoerd voor een dertigtal bepalingen. Op belangrijke terreinen wordt echter nog met eenparigheid van stemmen besloten. Het is vereist als het gaat om zaken als buitenlands beleid, defensie, (directe en indirecte) belastingen, sociale zekerheid en vraagstukken over uitbreiding van de Europese Unie.

Gekwalificeerde meerderheid

Stemming bij gekwalificeerde meerderheid wordt doelmatiger geacht om een operationeel beleid te ontwikkelen op communautair niveau. Aldus werd bij de hervorming van het Verdrag van 1986 (de Europese Akte) de stemming bij gekwalificeerde meerderheid ingevoerd voor bijna alle beleidsterreinen die betrekking hebben op de interne markt, waardoor ongeveer 300 noodzakelijke richtlijnen en verordeningen konden worden aangenomen. Bij het Verdrag van Amsterdam werd het toepassingsgebied van de stemming bij gekwalificeerde meerderheid in de Raad uitgebreid. Het merendeel van de besluitvorming in de Raad vindt plaats met gekwalificeerde meerderheid (bijv. interne markt, harmonisatie van wetgeving, milieu, onderwijs, cultuur, volksgezondheid).

Bij gekwalificeerde meerderheid worden de stemmen van de leden van de Raad gewogen en dient een minimum aantal stemmen behaald te worden. Ingevolge de Intergouvernementele Conferentie van 2000 en het Verdrag van Nice is in verband met de uitbreiding van de Europese Unie de sleutel voor stemmenweging aangepast en is bepaald dat voortaan de gekwalificeerde meerderheid bereikt is wanneer aan twee voorwaarden is voldaan: het besluit krijgt een bepaald aantal stemmen (deze drempel verandert naarmate er nieuwe lidstaten toetreden) en de meerderheid van de lidstaten stemt voor het besluit. Bovendien kan een lidstaat vragen na te gaan of de gekwalificeerde meerderheid minstens 62% van de totale bevolking van de Unie vertegenwoordigt. Indien dit niet het geval blijkt, is het besluit niet aangenomen. Zie voor de weging van stemmen: Raad onder 'Interne besluitvorming'.