De Europese Unie is eigenlijk te beschouwen als een overkoepeling van verschillende verdragen. Zoals art. 1 EU het omschrijft is de Europese Unie gegrond op de Europese Gemeenschappen, aangevuld met beleidsterreinen en de samenwerkingsvormen die bij het EU-verdrag worden ingesteld. De Europese Gemeenschappen bestaan uit de EG (Europese Gemeenschap) en de EGA (Europese Gemeenschap voor Atoomenergie). De aanvullende beleidsterreinen zijn: een Gemeenschappelijk Buitenlands en Veiligheidsbeleid (GBVB) en een beleid inzake Politiële en Justitiële Samenwerking in Strafzaken (PJSS).

Om het geheel te verduidelijken spreekt men veelal van een pijlerstructuur. De Europese Unie is dan een bouwwerk dat steunt op drie pijlers. In de eerste pijler bevinden zich de Europese Gemeenschappen, in de tweede het Gemeenschappelijke Buitenlands en Veiligheidsbeleid en in de derde de Politiële en Justitiële Samenwerking in Strafzaken. De Europese Unie overkoepelt het geheel.

De Europese Unie heeft een enkelvoudig institutioneel kader met het Europees Parlement, de Raad, de Commissie, het Hof van Justitie en de Rekenkamer. Afhankelijk van het concrete beleidsterrein hebben deze instellingen andere bevoegdheden en werken ze volgens andere procedures. Zo varieert de methode van besluitvorming al naar gelang de pijler waarin een besluit wordt genomen.

Heeft de eerste pijler een supranationaal karakter, de tweede en derde pijler hebben een overwegend intergouvernementeel karakter. Grof gezegd houdt het verschil onder meer in dat in de eerste pijler een land tegen zijn wil gebonden kan worden aan een besluit, terwijl dit in de tweede en derde pijler eerder zelden het geval is.

De pijlerstructuur is door de na het Verdrag van Maastricht in 1997 nog totstandgekomen Verdrag van Amsterdam en het in februari 2001 ondertekende Verdrag van Nice niet gewijzigd. Wel bracht het Verdrag van Amsterdam in de buitenlands-politieke samenwerking en de justitiesamenwerking een aantal supranationale elementen aan, zoals het beginsel van onthouding van stemmen en aanzetten tot meerderheidsbesluitvorming.