De Europese Unie kent tevens een grote hoeveelheid organen die een eigen specifieke rol spelen. Het betreft diverse agentschappen, interinstitutionele en financiële organen.

Communautaire Agentschappen

• Communautair Bureau voor Plantenrassen (CBP)
  Het CBP beheert het communautaire kwekersrecht, een specifieke vorm van industrieel eigendomsrecht met betrekking tot nieuwe plantenrassen.
• Europees Agentschap voor de veiligheid en de gezondheid op het werk (EU-OSHA)
  Het OHSA ontwikkelt, analyseert en verspreidt informatie die de veiligheid en gezondheid op het werk in Europa verbetert.
• Europees Agentschap voor de veiligheid van de luchtvaart (EASA)
  EASA richt zich op het ontwikkelen van knowhow op alle gebieden van de burgerluchtvaartveiligheid ter ondersteuning van de EU bij de uitwerking van wetgeving en toepassingsregels voor het toezicht op de veiligheid van luchtvaart.
• Europees Agentschap voor de maritieme veiligheid (EMSA)
  EMSA verleent technisch en wetenschappelijk advies aan de Commissie op het gebied van de veiligheid van de zeevaart en het voorkomen van door schepen veroorzaakte verontreiniging
• Europees Agentschap voor netwerk- en informatiebeveiliging (ENISA)
  ENISA heeft als doel zich te ontwikkelen tot experstisecentrum om te helpen bij de totstandbrenging van een hoog niveau van netwerk- en informatiebeveiliging ten behoeve van de burgers, consumenten, bedrijven en organisaties uit de publieke sector in de Europese Unie.
• Europese Autoriteit voor voedselveiligheid (EFSA)
  De belangrijkste taak van de Autoriteit is het verstrekken van onafhankelijke wetenschappelijke adviezen over alle aangelegenheden die direct of indirect van invloed zijn op de voedselveiligheid.
• Europees Bureau voor geneesmiddelenbeoordeling (EMEA)
  Het EMEA richt zich ter bescherming van de gezondheid van mens en dier op het waarborgen van de beoordeling van en toezicht op geneesmiddelen in Europa.
• Europees Bureau voor harmonisatie binnen de interne markt (OHIM)
  Het OHIM is belast met de inschrijving van Gemeenschapsmerken en Gemeenschapsmodellen.
• Europees Bureau voor Wederopbouw (EAR)
  Het EAR is verantwoordelijk voor het beheer van de belangrijkste communautaire hulpprogramma's in de Federale Republiek Joegoslavië (Servië, Kosovo en Montenegro) en de Voormalige Joegoslavische Republiek Macedonië.
• Europees Centrum voor de ontwikkeling van de beroepsopleiding (CEDEFOP)
  Met voorlichtings-, onderzoeks- en verspreidingsactiviteiten wordt steun verleend aan specialisten op het gebied van beroepsonderwijs en -opleiding voor de ontwikkeling en verbetering van beroepsonderwijs en -opleiding in Europa.
• Europees Milieuagentschap (EEA)
  Het Milieuagentschap verzamelt en verstrekt informatie over het milieu aan iedereen die betrokken is bij de ontwikkeling en invoering van Europees en nationaal milieubeleid, en aan het grote publiek.
• Europese Stichting voor Opleiding (ETF)
  Het ETF ondersteunt de hervorming van de beroepsopleiding in de partnerlanden in de context van de programma's van de EU en verschaft als expertisecentrum informatie over de ontwikkelingen m.b.t. (beroeps)opleidingen.
• Europese Stichting tot verbetering van de levens- en arbeidsomstandigheden (EUROFOUND)
  EUROFOUND richt zich op het bijhouden van de ontwikkelingen en trends, adviseren over en analyseren van de levens- en arbeidsomstandigheden.
• Europees Waarnemingscentrum voor drugs en drugsverslaving (EMCDDA)
  Het EMCDDA verzamelt en verspreidt informatie over het verschijnsel drugs en drugsverslaving in Europa.
• Europees Waarnemingscentrum voor racisme en vreemdelingenhaat (EUMC)
  Het EUCM verstrekt informatie over racisme, vreemdelingenhaat en antisemitisme op Europees niveau met het oog op het nemen van maatregelen of acties tegen racisme en vreemdelingenhaat.
• Vertaalbureau voor de organen van de Unie
  Het Vertaalbureau is opgericht om de vertalingen van de andere gedecentraliseerde communautaire organen te verzorgen, maar levert ook vertalingen aan de instellingen en andere organen met een eigen vertaaldienst.
• Europees Centrum voor ziektepreventie en -bestrijding (ECDC)
  Het ECDC richt zich op het bundelen van de Europese kennis op het gebied van volksgezondheid, om zo gezaghebbende wetenschappelijke meningen te ontwikkelen over de risico's van nieuwe en zich ontwikkelende overdraagbare ziekten.
• Europees Agentschap voor het beheer van de operationele samenwerking aan de buitengrenzen (FRONTEX)
  FRONTEX coördineert de operationele samenwerking tussen de lidstaten op het gebied van het beheer van de buitengrenzen..

Interinstitutionele en financiële organen

• Bureau voor Officiële Publicaties der Europese Gemeenschappen
  Het Bureau is de uitgever van de EU en zorgt voor de productie van alle papieren en elektronische publicaties van de Europese Unie.
• Bureau voor personeelsselectie van de Europese Gemeenschappen (EPSO)
  EPSO bereidt onderzoeken voor met het oog op de selectie van gekwalificeerde personeelsleden ten behoeve van alle instellingen van de EU.
• Europese Investeringsbank (EIB)
  De EIB financieert investeringsprojecten van de EU.
• Europees Investeringsfonds (EIF)
  Het EIF geeft garanties en risicokapitaal ter ondersteuning van het midden- en klein bedrijf (MKB).

Overige agentschappen en gedecentraliseerde organen

• Europees Instituut voor veiligheidsstudies (ISS)
  Het ISS ondersteunt de EU in het Gemeenschappelijk Buitenlands en Veiligheidsbeleid door het doen van onderzoek en analyseren veiligheids- en defensiekwesties (tweede pijler).
• Europees Defensieagentschap (EDA)
  Het EDA richt zicht op het ontwikkelen van de defensievermogens van Europa.
• Europees Satellietcentrum (EUSC)
  EUSC ondersteunt de EU in het Gemeenschappelijk Buitenlands en Veiligheidsbeleid door het analyseren van satelietbeelden en aanverwante gegevens (tweede pijler).
• Europese Politiedienst (Europol)
  Het doel van Europol is bij te dragen tot een nauwere en doeltreffende samenwerking van de EU-lidstaten bij het voorkomen en bestrijden van de internationale georganiseerde misdaad (derde pijler).
• Europese Politieacademie (CEPOL)
  CEPOL heeft als doel de internationale opleiding van hogere politiefunctionarissen te ondersteunen en bij te dragen aan een geïntegreerde aanpak in de EU van grensoverschrijdende problemen waarmee de lidstaten worden geconfronteerd bij het bestrijden en voorkomen van criminaliteit, bij de rechtshandhaving en bij de handhaving van de openbare orde en veiligheid.
• Europees orgaan ter versterking van de justitiële samenwerking (Eurojust)
  Eurojust richt zich op het verbeteren en coördineren van de samenwerking op het gebied van recherche en vervolging van grensoverschrijdende criminaliteit (derde pijler).
• Europese Ombudsman
  De Ombudsman onderzoekt klachten van burgers, bedrijven of instellingen tegen Europese instellingen en andere communautaire organen.